O COFEMER é um organismo descentralizado do Ministério da economia, com autonomia técnica e operacional, formada por 60 funcionários públicos e 10 funcionários operacionais de confiança. Sua criação e poderes têm origem em um terceiro título da lei Federal no procedimento administrativo. Seu mandato é para garantir a transparência no desenvolvimento e implementação de normas, e que eles alcançar benefícios maiores do que os custos para a sociedade.